Os recursos iniciais para constituir a organização foram concedidos pela Fundação Ford e pela Fundação das Nações Unidas (UNF). Hoje, os principais financiadores da Conectas são:

• Comissão Européia
• Fundação Ford
• Fundação das Nações Unidas (UNF)
• Fundação Oak
• Fundação Open Society Institute (OSI, OSISA, OS-Justice Initiative)
• Fundação Overbrook
• Fundação Tinker
• Fundo das Nações Unidas para Democracia
• Natura
• Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento

Outros doadores e parceiros:

• Alto Comissariado das Nações Unidas para os Direitos Humanos
• Ashoka Empreendedores Sociais
• Avina
• Conselho Britânico
• Consulado Irlandês no Brasil
• Fundação Friedrich Ebert - Brasil